Na de oorlog wordt besloten om over te gaan tot de bouw van het nieuwe orgel. Het oorspronkelijke concept wordt verkleind naar een orgel met 45 registers, verdeeld over 3 klavieren en pedaal. Flor Peeters is betrokken als adviseur bij dit nieuwe concept.

De Stichting Orgelconcerten Hengelo is in 1991 opgericht.  Het was het vervolg op een initiatief van een groep muziekliefhebbers om meer aandacht te geven aan de pracht en de variatie van klanken van orgels in Hengelo. Bovendien staat er een schat aan prachtige composities van vele eeuwen ter beschikking. De combinatie lag in 1991 voor de initiatiefnemers voor de hand:  instrumenten, composities en uitvoerenden stonden al klaar. Een organiserende instantie kan dan zorgen voor continuïteit van contacten en vaste punten van contacten en financiën.

De technische staat van het Vermeulen-orgel in de Lambertus baarde steeds meer zorgen. In de jaren ’90 werd door orgeldeskundigen op reparatie en restauratie aangedrongen. Maar ook het kerkgebouw vroeg om ingrijpend onderhoud. Het orgel moest daarop natuurlijk wachten, want het vele vuil en stof van bouwwerkzaamheden zijn desastreus voor zo’n complex instrument.

Gijs van Schoonhoven speelde op 25 november 2000 het ingebruikname concert van het orgel dat werd overgeplaatst naar de Hengelose Kristalkerk. Dit orgel was in een Haagse kerk overbodig  geworden. Door BAG Orgelmakers te Enschede is het aangepast tot een orgel, dat goed past bij het kleinere en intieme karakter van deze kerk.

In 2002 werd –na de restauratie van de basiliek- de Stichting voor de Restauratie van het Vermeulen-orgel opgericht. Doel was niet alleen een technisch herstel van het bestaande orgel, maar ook uitbreiding met diverse registers en klanktechnische verbeteringen.

In 2007 begon de orgelbouwer Adema met de restauratie van het orgel, uitbreiding met een extra zwelkast en nieuwe registers en het voorzien van de speeltafel van de modernste techniek.